عصر سلطنت ناصرالدین شاه قاجار بود، فرقه ضاله بابی و بهائی پدید آمد و کم کم در گوشه و کنار عدهای گمراه، به آن گرویدند، علماء و وعاظ و دانشمندان، برحسب وظیفه خود، به مردم هشدار دادند تا گول آن فرقه استعماری را نخورند. یکی از علماء که از مجتهدین زاهد و مبارز بود، مرحوم آیت الله حاج ملا محمد تقی قزوینی (شهید ثالث) در قزوین در مسجد امام جماعت بود و اقامه نماز جمعه مینمود، گاهی منبر میرفت و در وعظ و گفتار خود، از انحرافات فرقه ضاله بابیت میگفت و مردم را از خطر نفوذ آنها هشدار میداد. عدهای از طرفداران فرقه بهایی درصدد توطئه برای قتل آن عالم مجاهد بر آمدند، و برای احساس خطر میشد و حتی بعضی از بستگان به او گوشزد میکردند که مراقب جانش باشد ولی او میگفت: آرزوی شهادت دارم. امیدوارم به آرزویم برسم.
سال 1264 هجری قمری بود، شبی در نیمههای آن را از بستر برخاست و به سوی مسجد خود رفت، هوا تاریک بود و هنوز کسی به مسجد نیامده بود او به محراب رفت و به نماز شب و مناجات و راز و نیاز پرداخت، در این وقت پیرزنی به مسجد آمد و چراغ مسجد را روشن کرد. ایشان در آن هنگام سربه سجده گذاشته و مناجات خمسه عشر را با نهایت خضوع و خشوع میخواند و گریه میکرد، ناگاه چند نفر از فرقه ضاله بابی وارد مسجد شدند، در همان سجده، نیزهای برگردن او زدند، و سپس دومین زخم را زدند که ایشان سر از سجده برداشت و گفت: چرا مرا میکشید؟ آن گاه نیزه به دهانش زدند که دهانش شکافته شد، خلاصه هشت زخم بر او وارد گردید که ناگاه آن پیرزن فریاد کشید، در همان هنگام ضاربین گریختند. ایشان برای این که خونش به مسجد نریزد، با زحمت زیاد، کشان کشان خود را به در مسجد رسانید، در همان جا بیهوش بر زمین افتاد و در خون خود غوطه ور گردید، آن گاه بستگانش متوجه شده، آمدند و او را به خانهاش بردند و پس از دو روز به شهادت رسید. هنگامی که او را منزل آوردند، بر اثر شکافته شدن دهانش، قدرت سخن گفتن نداشت، بسیار تشنه میشد و قدرت آشامیدن آب نداشت، زیرا وقتی که بر زخم دهان میرسید، میسوخت، در آن حال مکرر از تشنگی امام حسین (علیه السلام) یاد کرده و گریه میکرد و میگفت: ای اباعبدالله! جانم به فدایت، از تشنگی بر تو چه گذشت؟ سرانجام شهید شد. بستگان خواستند جنازهاش را به کربلا ببرند، ولی مردم قزوین اجتماع کردند و هجوم آوردند و نگذاشتند و جنازه او را در جوار حضرت امامزاده حسین، در مقبره جداگانهای دفن کردند و اکنون قبر شریف او در آنجا زیارتگاه مردم مسلمان است. یکی از مؤمنین به نام میرزا جواد میگوید: چند روز قبل از شهادت او، به حضورش رفتم، ایشان به بنده گفتند: التماس دعا دارم، عرض کردم خداوند همه نعمتهای دنیا و آخرت را از علم و اولاد و تألیفات توفیق در نشر احکام و... به شما داده است، دیگر چه آرزویی دارید که از من التماس دعا میکنی. فرمود: آرزوی شهادت دارم. عرض کردم: شما همیشه در شهادت بلکه بالاتر از آن هستید زیرا طبق فرموده امامان (علیهم السلام) مداد علما، بهتر از خون شهیدان است. فرمود: من آرزوی شهادت به معنی به خون آغشته شدن را میخواهم.(357) از آن پس، این شهید و الامقام به عنوان شهید ثالث (شهید سوم) معروف گردید، زیرا دو مجتهد بزرگ، قبلاً به شهادت رسیده بودند و به عنوان شهید اول صاحب کتاب لمعه و شهید دوم صاحب کتاب شرح لمعه خوانده میشدند: منظور از شهید اول شمس الدین محمد بن مکی دمشقی عاملی (رحمه الله) مؤلف کتاب لمعه است که او را در جمادی الاولی سال 786 هجری قمری، به حکم علمای درباری اهل سنت، در شام گردن زدند و بدنش را سوزانیدند. و منظور از شهید دوم زین الدین علی بن احمد عاملی (رحمه الله) مؤلف کتاب شرح لمعه است که بر اثر توطئه قاضی کینه توز صیداء، یکی از سلاطین عثمانی، فرمان جلب او صادر شد؛ مأمورین او را دستگیر کرده و در مسیر راه به استامبول، در کنار دریا گردن زدند و بدنش را به دریا افکندند و سرش را برای سلطان بردند، شهادت او در روز جمعه، ماه رجب سال 966 ه ق رخ داد.(358)