یكی از انحرافات و اشتباهات بعضیها این است که می‌خواهند از زاویه‌ی علم تجربی، دین را تفسیر كنند و تصور می‌کنند وسعت درک علم تجربی تا آنجایی است که به همه‌ی حقایق عالم وجود احاطه دارد. این‌ها می‌خواهند علت همه‌ی احکام الهی را در محدوده‌ی درک علم تجربی پیدا کنند، مثلاً می‌خواهند علت حرمت طلا برای مرد را در محدوده‌ی نظام فیزیولوژیک مرد بیابند ، در حالی که اگر علت فیزیولوژیکی موضوع را هم پیدا کردیم معلوم نیست مقصد اصلی حرمت طلا برای مرد همین یک نکته باشد. ابتدا باید متذكر باشیم كه مگر علم تجربی توانایی فهم ابعاد عالم وجود و مراتب تجرد انسان را دارد كه بتواند تشخیص دهد چرا طلا برای مرد حرام است؟ این‌ها متوجه نیستند تأییدی كه علم تجربی از دین می‌كند، اینقدر محدود و یك بعدی است كه در بسیاری از مواقع اصل احکام دین را در حجاب می‌برد. زیرا دین از منظری بسیار بالاتر از منظر علم تجربی به عالم و آدم می‌نگرد و با توجه به وسعت ابدی انسان برای انسان حکم نازل می‌نماید. به همین جهت هرگز نباید انتظار داشته باشیم علم تجربی بتواند تفسیر صحیحی از دین ارائه دهد، و اگر هم بعضی از احکام دین را تفسیر می‌كند، باید متوجه باشیم تفسیر آن، تفسیری است بسیار محدود. میگویند شاعری شعری سرود و در جلسه پادشاه آن را خواند در حینی که شعر خود را میخواند و همه گوش می‌دادند، دیوانه‌ای كه در گوشه مجلس نشسته بود، دائم میگفت: بَهبَه! همه ساكت بودند و فقط این دیوانه بَهبَه میگفت. ناگهان شاعر شعرش را قطع كرد و گفت:
آفرینی كه این مُغَفِّل كرد
روز عیش مرا مبدل كرد
شعر کافتد قبول خاطر عام
خاص داند که سست باشد و خام(45)
یعنی آفرین این دیوانه مرا بیچاره كرد، چرا كه حد تأیید این شخص آن حدی نیست كه من شعرم را طرح كردهام. همچنین است تأییدی كه علم تجربی از دین بكند و بخواهد علت اصلی احکام الهی را در محدوده‌ی خود تعیین نماید.
از جمله کسانی که سعی می‌کردند دستورات دین را در محدوده‌ی علم تجربی تبیین کنند آقای بازرگان بودند، نتیجه کار ایشان این شد كه جوانان مجاهدین خلق، مارکسیست شدند، زیرا پیام عملی امثال آقای بازرگان ناخواسته این خواهد بود که آنچه دین هزار و چهارصد سال پیش گفته حالا علوم تجربی همان را می‌گوید. امثال مجاهدین خلق هم به این نتیجه رسیدند که تا حالا باید از دین هزار و چهارصدسال پیش پیروی می‌کردیم و حالا هم از علم جدید پیروی می‌کنیم و چون مارکسیسم مبتنی بر نظریه‌های علمی جدید است زنده‌تر و مدرن‌تر است.
میگویند: كسی سؤال كرده بود چرا نماز صبح و مغرب و عشا را باید بلند بخوانیم؟ یكی در جواب گفته بود: چون این نمازها باید در تاریكی خوانده شود و اگر آهسته بخوانیم و كسی بخواهد از آنجا رد شود به ما برخورد می‌كند، به همین خاطر گفتهاند بلند بخوانید تا با هم برخورد نكنید! اگر چنین است پس میتوان چراغ را روشن كرد و نماز را آهسته خواند! مگر نتیجه چنین توجیهاتی غیر از این است؟ به این نحو كه نمیشود دینداری كرد. اگر از من بپرسید چرا باید نماز صبح را بلند خواند میگویم نمیدانم ولی میدانم كه از فروع دین است و در فروع دین باید از حکم دین تبعیت کنیم تا توانسته باشیم بندگی خود را اظهار کنیم. حضرت امیرالمؤمنین(ع) در مورد حج بیت‌الله‌الحرام می‌فرمایند: «أَ لَا تَرَوْنَ أَنَّ اللَّهَ سُبْحَانَهُ اخْتَبَرَ الْأَوَّلِینَ مِنْ لَدُنْ آدَمَ(ع) إِلَی الْآخِرِینَ مِنْ هَذَا الْعَالَمِ بِأَحْجَارٍ لَا تَضُرُّ وَ لَا تَنْفَعُ وَ لَا تُبْصِرُ وَ لَا تَسْمَعُ فَجَعَلَهَا بَیتَهُ الْحَرَامَ الَّذِی جَعَلَهُ لِلنَّاسِ قِیاماً ثُمَ وَضَعَهُ بِأَوْعَرِ بِقَاعِ الْأَرْضِ حَجَراً وَ أَقَلِّ نَتَائِقِ الدُّنْیا مَدَراً وَ أَضْیقِ بُطُونِ الْأَوْدِیةِ قُطْراً بَینَ جِبَالٍ خَشِنَةٍ وَ رِمَالٍ دَمِثَةٍ وَ عُیونٍ وَشِلَةٍ وَ قُرًی مُنْقَطِعَةٍ ... ابْتِلَاءً عَظِیماً وَ امْتِحَاناً شَدِیداً وَ اخْتِبَاراً مُبِیناً وَ تَمْحِیصاً بَلِیغاً»؛ نمیبینید خدای سبحان، پیشینیان از آدم(ع) تا بعدی‌ها را با حرمت نهادن بر سنگ‌هایی بی‌سود و زیان آزمود؟ كه نه می‌بینند و نه می‌شنوند. پس خدا آن را خانه‌ی با حرمت خود ساخت و برای فراهم آمدن و عبادت مردمانش آن خانه را در سنگلاخی نهاد از همه سنگستان‌های زمین دشوارتر، و ریگزاری که رشد گیاه در آن از همه كم‌تر. به درّهای از دیگر درّهها تنگ‌تر، میان كوه‌هایی سخت و ریگ‌هایی نرم که راه‌رفتن در آن آزمایشی بسیار بزرگ و امتحانی دشوار و آزمودنی آشكار برای پدید‌آمدن نافرمان از فرمانبردار.(46)
حضرت می‌فرمایند خداوند خانه‌ی خود را در سخت‌ترین مکان‌ها قرار داد و مردم را به زیارت آن دستور داد تا هیچ انگیزه‌ای جز بندگی خدا در میان نماند.
باید برسیم به این نکته که صاحب دین دستور داده است تا ما این اعمال را انجام دهیم و صاحب دین اسرار عالم را میداند، ما هم باید تبعیت كنیم تا بیش از آن که به منافع مادی برسیم، به قرب پروردگار نایل شویم.
یكی از ضعف‌های عمده‌ی علم تجربی غربی راززدایی است، به طوری که توجه انسان را از نظر به حقایق بیکرانه‌ی عالم که سراسر راز است منصرف می‌کند. در حالی که هر آنچه در عالمِ حسّ و ماده هست دارای باطن و رازی است که باید از طریق دینداری با آن باطن نیز مرتبط گشت و ارتباط با آن باطن تکیه‌گاهی است برای معرفت حقیقی به مراتب پایین. چنین نگاهی است که به هر چیزی مفهومی عالی و تفسیری عرفانی می‌دهد، نگاهی که از نگاه علم تجربی به موجودات، بسیار متفاوت است.