حضرت امام خمینی از صدرالمتألهین با عناوینی چون صدر حکمای متألهین، «شیخ عرفاء کاملین» (شرح دعای سحر، ص 93)، شیخ العرفاء السالکین (شرح دعای سحر، ص 122)، «شیخ عرفاء شامخین» (شرح دعای سحر، ص 166)، «اعظم الفلاسفه علی الاطلاق، حضرت صدرالمتألهین» (شرح چهل حدیث، ص 528)، «محقق فلاسفه و فیلسوف محققین صدرالمتألهین، قدس الله نفسه» (شرح چهل حدیث، ص 386)، «جناب محقق فلاسفه صدرالحکماء و المتألهین قدّس الله سرّه و اجزل أجره» (شرح چهل حدیث، ص 395) ، جناب محقق فلاسفه و فخر طائفة حقه، صدرالمتألهین، رضوان الله علیه» (شرح چهل حدیث، ص 413)، «فیلسوف معظم، جناب صدرالمتألهین» ... با بیاناتی بینظیر که مختص به خود آن بزرگوار است (شرح چهل حدیث، ص 416)، «افضل الحکماء الاسلامیه» (شرح چهل حدیث، ص 586)، فیلسوف کبیر (شرح چهل حدیث، ص 651) یاد می‌کنند و یک بار نیز در مقام تمجید از عظمت ملاصدرا فرموده‌اند: «ملاصدرا و ما ادریک ما ملاصدرا؟!» (شرح دعای سحر، ص 22؛ البته این مطلب را مترجم از قول حضرت امام خمینی نقل كرده است) در بخشی از سخنانشان هم از ملاصدرا دفاع می‌کنند و می‌فرمایند: «جناب صدرالمتألهین را که سرآمد اهل توحید است، زندیق میخوانیم و از هیچگونه توهینی درباره‌ی او دریغ نمیکنیم (شرح چهل حدیث، ص 456)
حضرت امام خمینی«رضواناللهتعالیعلیه» در جواب به سؤال «حَسَنَیْن هیکل» که از ایشان می‌پرسد چه اندیشه‌ها و اندیشمندانی بر شما تأثیرگذار بوده‌اند؟ می‌فرمایند: «در فلسفه: ملا صدرا، از كتب اخبار: كافى، از فقه: جواهر»(3) و نیز در دعوت گورباچف به اسلام، موضوع حکمت متعالیه‌ی صدرا و عرفان محی‌الدین را مطرح می‌کنند. زیرا آموزه‌های دینی ما در مکتب ملاصدرا به صورت منسجم در آمده و می‌تواند پشتوانه‌ی فلسفی انقلاب اسلامی و تمدن اسلامی باشد.
رهبر معظم انقلاب«حفظه‌الله» در رابطه با حکمت متعالیه می‌فرمایند:
«... به گمان ما فلسفهی اسلامی در اسلوب و محتوای حکمت صدرایی، جای خالی خویش را در اندیشه‌ی انسان این روزگار می‌جوید و سرانجام آن را خواهد یافت ...».
«فلسفهی صدرایی - که خودِ او به حق آن را حکمت متعالیه نامیده- در هنگام پیدایشِ خود نقطه‌ی اوج فلسفهی اسلامی تا زمان او، و ضربه‌ای قاطع بر حملات تخریبی‌مسلکان و فلسفه‌ستیزانِ دوران‌های میانه‌ی اسلامی بوده است، ... در فلسفهی او از فاخرترین عناصر معرفت یعنی عقل منطقی و شهود عرفانی و وَحی قرآنی در کنار هم بهره گرفته شده و در ترکیب شخصیت او تحقیق و تأمل برهانی و ذوق و مکاشفه‌ی عرفانی و تعبد و تدین و زهد و اُنس با کتاب و سنت با هم دخیل گشته...».(4) و نیز می‌فرمایند: «امام«رضواناللهتعالیعلیه» چکیده و زبده‌ی مکتب ملاصدرا است، نه فقط در زمینه‌ی فلسفی‌اش، در زمینه‌ی عرفانی هم همین‌جور است».
امام خمینی«رضواناللهتعالیعلیه» از آن‌جایی که می‌خواهند در عصر حاضر تمدنی را به صحنه آورند، نظر به فلسفهی ملاصدرا و عرفان محی‌الدین دارند و تأکید ایشان بر ملاصدرا به جهت آن است که ملا صدرا عرفان محی‌الدین را به زبان عقل فلسفی مدون کرد تا امکان تمدن‌سازی در آن بیشتر باشد.
ملاحظه کنید چرا مقام معظم رهبری می‌فرمایند: «به گمان ما فلسفهی اسلامی در اسلوب و محتوای صدرایی جای خالی خویش را در اندیشه‌ی انسان این روزگار می‌جوید و سر انجام آن را خواهد یافت». این جمله با این دقت می‌خواهد بگوید حکمت صدرایی روحی دارد که آن روح به دنبال ظرف مناسبی است و سرانجام در اندیشه‌ی انسان این روزگار جای خالی خود را خواهد یافت و به تعبیر مقام معظم رهبری ضربه‌ای قاطع بر حملات تخریبی مسلکان و فلسفه ستیزان دوران‌های میانه‌ی اسلامی بوده است و خواهد بود. پس اولاً: ملاصدرا برای حذف یک حجاب بزرگ که بر اسلام افتاده، وارد یک تقابل فکری شده است. ثانیاً: می‌خواهد اندیشه‌ای را ارائه دهد که آینده‌ی بشر را تغذیه می‌کند و حقیقتاً در فلسفهی او فاخرترین عناصرمعرفت یعنی عقل منطقی و شهود عرفانی و وحی قرآنی در کنار هم ظهور کرده و به همین جهت ملاحظه می‌کنید عموماً کسانی که با این مکتب سر و کار دارند در تأمل برهانی و ذوق و مکاشفه‌ی عرفانی و تعبد و تدین و زهد نمونه‌اند و بنا به گفته‌ی رهبری، حضرت امام خمینی«رضوان‌اللّه‌تعالی‌علیه» در زمینه‌ی فلسفی و عرفانی با آن تعبد و تدین و زهد، چکیده و زبده‌ی مکتب ملاصدرا می‌باشند.