یکی از عناصر اصلی این تشکیلات در خصوص حکومت دینی اظهار میدارد:
آخوندها [روحانیت] حکومت را در اختیار گرفتهاند و به اسم دین حکومت میکنند و حکومت مذهبی به این معنا که مذهب و مذهبیون حکومت کنند از دیدگاه ما مردود است.(220)
عناصر جبهه مرتد ملی که به برکت رحمت و عطوفت جمهوری اسلامی از قهر انقلابی مردم مسلمان ایران در امان ماندند، مجدداً به دنبال تز استعماری جدایی دین از سیاست میباشند که البته یکی از اصلیترین بخشهای اعتقادی جبهه مرتد ملی میباشد.