محدث نوری (أعلی الله مقامه) پیوسته ملتزم به وظایف شرعی بود و برای هر ساعتی از شبانه روز برنامهای داشت که از آن تخلف نمیکرد.
شاگردش آقا بزرگ تهرانی برنامه زندگی وی در نجف اشرف را این گونه بیان میفرماید:
زمان نوشتن وی بعد از نماز عصر تا هنگام غروب بود و زمان مطالعه وی بعد از نماز عشا تا هنگام خواب بود.
او همیشه با وضو میخوابید و شبها هم کم میخوابید. دو ساعت قبل از طلوع فجر بیدار میشد و وضو میگرفت. یک ساعت قبل از طلوع فجر به حرم حضرت امیر مؤمنان علی علیهالسلام مشرف میشد و این برنامه در زمستان و تابستان ادامه داشت.
او پشت «در قبله» میرفت و نماز شب میخواند تا سید داود نائب، کلید دار حرم، میآمد و در را باز میکرد و محدث نوری اولین کسی بود که وارد حرم میشد.
او به سید داود در روشن کردن چراغهای حرم کمک میکرد آنگاه بالای سر ضریح حضرت میایستاد و زیارت میخواند.
بعد از طلوع فجر نماز صبح را به جماعت اقامه میکرد و تا هنگام طلوع خورشید به تعقیبات نماز و دعا میپرداخت.
بعد از آن به کتابخانه بزرگ خود میرفت. آن کتابخانه شامل هزاران جلد کتاب نفیس و نسخههای خطی ارزشمند و گرانبها و کم نظیر و یا منحصر به فرد بود. او به جز به هنگام ضرورت از کتابخانه خارج نمیشد.
بعد از ساعتی برخی از شاگردانش مانند علامه شیخ علی بن ابراهیم قمی و شیخ عباس قمی، صاحب مفاتیح الجنان و مولی محمد تقی قمی برای تصحیح و مقابله و نگارش و یا نسخه برداری به کمک او میآمدند.
بعد از پایان کار کمی غذا میخورد و استراحت میکرد و بعد، نماز ظهر را در اول وقت میخواند و بعد از نماز عصر، دوباره همان برنامه را ادامه میداد.
روزهای جمعه برنامه او تغییر میکرد. صبحها بعد از آنکه از حرم باز میگشت به مطالعه برای منبر میپرداخت و یکساعت بعد از طلوع خورشید به مجلس عمومی خود میرفت و سخنانی بلیغ و گهربار افاده میکرد.
او سعی بر آن داشت تا هر چه بالای منبر میگوید یقینی باشد و مطالب مشکوک را مطرح نمیکرد و هنگام ذکر مصیبت اهل بیت علیهمالسلام اشک بر محاسن شریفش جاری میشد.
بعد از مجلس به مستحبات روز جمعه مانند کوتاه کردن ناخن و شارب و غسل روز جمعه و دعاها و آداب و مستحبات دیگر میپرداخت.
عصر روز جمعه هم چیزی نمینوشت و به حرم میرفت و مشغول انجام زیارت و دعاهای وارده میشد و این برنامه ایشان تا هنگام وفات ادامه داشت.