علامه مجلسی در سال 1098 از سوی شاه سلیمان صفوی به سمت شیخ الاسلامی اصفهان منسوب شد. شیخ الاسلام بالاترین و مهمترین منصب دینی و اجرایی در آن عصر بود.
او قاضی و حاکم در مشاجرات و دعاوی بود. تمام امور دینی زیر نظر مستقیم او انجام میگشت و تمام وجوهات به محضر او فرستاده میشد شیخ الاسلام سرپرستی درماندگان و ایتام و... را نیز برعهده داشت.
نکته مهم در اینجا آن است که علامه این منصب را با اصرار و التماس شاه پذیرفت و در همان مجلس، شاه چند بار کلمه التماس را بر زبان آورد تا علامه راضی به پذیرفتن این منصب گردد.
علامه تا پایان عمر خویش عهده دار این وظیفه مهم بود.