محمد به مصر سفر کرد و در محله سقیفه جواد ساکن شد. مصر در آن دوران تغییر و تحولات عظیمی را به خود میدید. فاطمیین و طرفداران فرزندان فاطمه زهرا سلام الله علیها و اهل بیت رسول خدا صلیاللهعلیهوآله قدرت را در دست گرفته بودند و مردم به راحتی به خاندان رسول خدا ابراز علاقه میکردند.
محمد نیز در آنجا رحل اقامت گزید و در درس موسی بن اسماعیل بن موسی بن جعفر علیهماالسلام شرکت میکرد و از محضر آن بزرگوار بهرههای فراوان گرفت.