برادر شیخ حر عاملی در کتاب «الدر المسلوک» درباره وفات ایشان میفرماید:
«در روز 21 رمضان سال 1104 هجری غروب خورشید فضیلت و علم و دانش و ماه درخشان علم و عمل و عبادت، شیخ الاسلام و المسلمین، جانشین فقها و روات شیعه، سخنگوی هدایت امت و حیات شریعت، راستگو در روایات و نقل معجزات وسائل الشیعة، امام خطیب و شاعر ادیب، بنده حقیقی پروردگار بزرگ و بلند مرتبه، شیخ ابو جعفر محمد بن حسن حر عاملی واقع شد.
او سفر کرده به سوی رحمت خدایش در جوار هشتمین امام شیعیان علی بن موسی الرضا علیهالسلام است.
او برادر بزرگ من بود و من در مسجد زیر گنبد در کنار منبر بر او نماز خواندم و او را در ایوان حجرهای در صحن روضه در کنار مدرسه میرزا جعفر دفن نمودیم. او 72 سال سن داشت.»
«روحش شاد»