ترکان سلجوقی در سال 447 هجری با استفاده از ضعف آل بویه به بغداد حمله کردند و با اشغال آن حکومت آل بویه را برانداختند. در این زمان عبد الملک وزیر متعصب طغرل بیک، به محلههای شیعهنشین حمله کرده، به قتل و غارت آنان پرداختند و به خانه شیخ حمله کردند تا وی را به قتل برسانند، ولی چون او را نیافتند، وسایل منزل و کتابهای او را آتش زدند و نابود ساختند.
بعد از این حادثه اسفبار که ضایعات جبرانناپذیری به جهان علم وارد ساخت، شیخ از بغداد خارج شد و به نجف اشرف رفت.