1 - کتاب توحید مفضل، که املای امام جعفر صادق علیهالسلام است و در آن به مباحث خداشناسی پرداخته شده و شهرت مفضل بیشتر به واسطه همین کتاب است.
2 - کتاب الوصیة، که در آن امام جعفر صادق علیهالسلام مفضل را از امور مسلمانان و زندگی و خواستههای آنان و حوادث حال و آینده و اسرار جهان سفلی و علیا آگاه فرموده است.
3 - کتاب الیوم و اللیله که شامل مستحبات و دعاهایی است که مفضل آنها را روایت کرده است.
4 - کتاب علل الشرایع، در بیان فلسفه احکام شرعی و فواید و منافع آن است.
5 - کتاب الاهلیلجة، این کتاب املای امام جعفر صادق علیهالسلام و در ردّ ملحدان و منکران خداوند متعال بیان شده است.