سفیانی پس از حمله به کوفه و تصرف آن، از حضور امام مهدی (عج) در مدینه مطلع می شود، از این رو، برای دستگیری آن حضرت سپاهی را به سمت مدینه گسیل می دارد. سپاه سفیانی برای دستگیری و کشتن حضرت، عده زیادی را دستگیر می کند و به قتل می رساند. امام علی (ع) در این باره فرموده اند:
... و یبعث بجیش الی المدینه فیاخذون من قدروا علیه من آل محمد (ص) و یقتل من بنی هاشم رجال و نسا فعند ذلک یهرب المهدی و المبیض من المدینه الی مکه؛(278)
... و سفیانی سپاهی را به مدینه گسیل می دارد. مهدی (عج) از آن جا به سمت مکه کوچ می کند. به فرمانده سپاه سفیانی گزارش می رسد که مهدی به سمت مکه رفته است.. .
همچنین در روایات از مقاومت حاکمیت منطقه حجاز در برابر سپاه سفیانی سخنی به میان نیامده است. این مطلب می تواند به جهت فقدان حاکمیت مقتدر در سرزمین حجاز باشد، همچنان که می تواند معلول توافق حاکمان حجاز و سفیانی برای کشتار شیعیان و دستگیری امام مهدی (عج) باشد.