از نظر ملاصدرا و در راستای تحقق تمدنی که باید مدّ نظر باشد، این‌که انسان می‌تواند سازنده و صنعت‌گر باشد و دست به اکتشاف و اختراع بزند، همه ریشه در مقام خلیفة‌اللّهی انسان دارد. چون خلیفه‌ی خدا روی زمین است و چون مظهر همه‌ی اسماء جمال و جلال الهی است، این توانمندی‌های علمی و صنعتی را داراست. در حقیقت انسانِ مخترع و همچنین انسان صنعت‌گر یا انسان فنی، جمال الهی را در افعالش به تجلی در می‌آورد و در آینه‌ی حرفه یا صنعتی که دارد به ظهور می‌رساند. ملاصدرا می‌فرماید: «كل واحد من أفراد البشر ناقصا أو كاملا كان له نصیب من الخلافة بقدر حصة إنسانیة، لقوله تعالى: «هُوَ الَّذِی جَعَلَكُمْ خَلائِفَ فِی الْأَرْضِ»، مشیرا إلى أن كل واحد من أفاضل البشر و أراذلهم خلیفة من خلفائه فی أرض الدنیا».(22) جانشینی و خلیفةالله‌بودن انسان در حقیقت مظهریت انسان در همه‌ی اسماء الهی است و به واسطه‌ی همین مظهریت، او خلیفه‌ی خداوند است در همه‌ی آن تجلیات و تصرفات. اما از آن‌جا که آن مظهریت و خلافت مراتب دارد، پس این تجلیات و تصرفات هم مراتبی دارند.(23) حال در نظر بگیرید اگر با این نگاه آن تمدن که در دوران صفویه شروع شد ادامه پیدا می‌کرد چگونه با تمدن غربی که بر مبنای نفس امّاره ادامه یافت تفاوت ماهویِ خود را نشان می‌داد.
ما معتقدیم همان‌طور که اخلاقِ انسانی انسان مرآت اخلاق خداوند است صنایع و حِرَف انسان و اختراعات و ابتکارات او نیز اگر با اُنس با عالم عقل همراه باشد مرآت زیبایی‌های صنایع الهی است و اگر در انسان توانایی اکتشاف و اختراع نمی‌بود و انسان قدرت ساخت و ساز و صنعت‌گری نداشت، در مقام خلیفة اللّهی قرار نمی‌گرفت و اسم‌هایی چون صانع، خالق، مُبدع، كُلَّ یَوْمٍ هُوَ فی شَأْن، و ... که از اسمای حسنای الهی به‌شمار می‌آیند، در انسان مظهری پیدا نمی‌کرد. این یک نگاه کاملاً مثبت به علوم و صنایع و فنون و حرفه‌ها است که ملاصدرا آن را بر اساس مبانی فلسفی و عرفانی خود پرورانده و از آن به عنوان بُعدی از ابعاد حکمت متعالیه در کتاب اسرارالآیات و نیز جلد هفتم اسفار، پرده‌برداری کرده است و راز تأکید و نظر حضرت امام خمینی(ره) به ملاصدرا را باید در این وجوه نیز جستجو کرد.
جامعه‌ی به‌شدت عوام‌زده و خرافی و علمایی که دارای مسلک اخباری‌گری بودند و تفسیری جمودگرایانه و قشری‌مآبانه از دین را حاکم کرده بودند، عرصه را بر ملاصدرا سخت تنگ کرده و مجال تأثیرگذاری را از او گرفته بودند با این‌همه او در آن شرایطِ بسیار سخت، در همان مدت محدودی که مجال مدیریت یک مدرسه‌ی علمیه را پیدا کرد، برای مبارزه با چنین فضایی، علاوه بر علوم نقلی و عقلی، علوم ریاضی و طبیعی و پزشکی را در برنامه‌ریزی درسی مدرسه گنجاند و سعی کرد به آن صورت، نظام‌سازی را شروع کند.
ملاصدرا به ما می‌گوید این‌همه اصرار و تأکید من بر فلسفه و حکمت و معرفت‌شناسی فلسفی و پرداختن به مبانی نظری و عقلانی وجودشناسی، به این جهت است که انسان‌ها دچار نارسایی‌های فکری نشوند. از نظر حکمت متعالیه؛ غربِ امروز، اگرچه از جهت علوم تجربی و فلسفه‌های علمی پیشرفت قابل توجهی کرده اما از جهت وجودشناسی بسیار عقب مانده است.
این‌که هنرها در فرهنگ غرب اسباب فساد شده‌اند و به جای این‌که به قول ملاصدرا؛ زمینه‌ساز عشق‌های مجازی انسانی گردند، باعث گسترش عشق‌های مجازی حیوانی شده‌اند و اساس نظام خانواده را دچار بحران نموده‌اند، به جهت غفلت از «وجود» و بریدگی هنر از انکشافی است که هنرمند باید در رابطه با وجود ظهور دهد. این راه حلی است که انقلاب اسلامی از طریق حکمت متعالیه از چهار قرن پیش برای شروع فرآیند تمدن اسلامی، فراروی خود دارد و تحلیل کاملاً مثبتی از فرایند گسترش علوم و صنعت در راستای مقام خلیفة اللهی انسان است، به طوری که علوم و صنعت مظهر استعدادهای نهفته‌ی طبیعت خواهند بود که تنها به تبع تفکری دیگر، ماوراء نگاه غربی، به ظهور می‌آیند، آن‌گاه که «وجود»، ماوراء نگاه مفهومی به آن، برای بشر طلوع کند و اشاره‌اش به امور قدسی باشد. در این حال در مقایسه با چنین تمدنی همه‌ی تمدن‌ها قدرت خود را از دست خواهند داد.
ملاصدرا، یک فیلسوف بحران‌شناس در زمانه‌ی خود بود و حجاب تحقق تمدن اسلامی را به‌خوبی می‌شناخت و بسیار گویا و رسا، بدون محافظه‌کاری در کتاب‌های «سه اصل» و «کسر الاصنام الجاهلیة» به زبان فارسی سلیس به گوش همگان رساند و به مردم هشدار داد صید عده‌ای نشوند که از فهم زمانه محروم‌اند، زیرا تمدنی شروع شده که تحقق آن نیاز به تفکر دارد و آن‌هم تفکری که عقل و قلب را به میدان بیاورد، یعنی تفکری که حکمت متعالیه نشان داد، هرچند آن زمان فریادش را جدّی نگرفتند.(24)