ملاحظه فرمودید با ظهور دولت صفوی - به عنوان اولین دولت شیعی- غرب با اعزام مستشاران خود سعی کرد جای پایی برای خود در آن دولت باز کند و اندیشه‌ی خود را در همان ابتدای امر بر مناسبات فرهنگی ما القاء نماید، همان اندیشهای که دکارت پایه‌گذار آن بود و بحث شد. ملاصدرا با آن هوش فوق العاده‌ای که داشت - همان بصیرتی که در علامه‌ی طباطبائی و اصول فلسفه و روش رئالیسم‌‌شان ملاحظه می‌کنید- متوجه می‌شود باید کاری کرد که دنیای جدید در این مرحله، ما را از حقیقت غافل نکند. چون علاوه بر مستشاران غربی، اخباریون نیز در دستگاه صفوی رفت و آمد داشتند و آقای امین استرآبادی پایه‌گذار اندیشه‌ی اخباریون، با شاه عباس ارتباط داشت که البته نمی‌توان اندیشه‌ی اخباری‌گری را بی‌تأثیر از اندیشه‌ی حسی و ذهنی اروپائیان دانست.(434) ملاصدرا متوجه شد معضلِ پیش‌آمده بزرگ‌تر از این‌ها است که بشود به راحتی آن را از سر جامعه‌ی شیعه رفع کرد و چاره‌ی کار را آن دید که خود را از دستگاه دولت صفوی آزاد کند و مکتب اصالت وجود را که درست مقابل اندیشه‌ی غرب و اخباری‌گری است تدوین نماید و گوهر مکتب اسلام و تشیع را براساس شرایط جدیدی که به‌وجود آمده، به صحنه آورد، او خوب می‌دانست در چنین شرایطی اگر تشیع بخواهد به صورت کاربردی جواب‌گوی نیاز جامعه به علوم انسانی باشد فلسفه‌ی مخصوص خود را می‌خواهد. ملاصدرا خیلی زود فهمید آینده‌ی تشیع باید با چه اندیشهای تغذیه شود تا آن‌جایی که کسی مثل علامه طباطبائی(ره) با آن عظمت، بگوید: «ما همه بر سر سفره‌ای نشسته‌ایم که مرحوم آخوند [ملاصدرا] پهن کرده است». از آن عجیب‌تر حرف حضرت امام(ره) است که می‌فرمایند: ملاصدرا و ما ادریك ما ملاصدرا؟!(435) بنده بسیار مایلم بتوانم جایگاه این حرف را برای مخاطبانی که موضوع وجودِ تشکیکی را دنبال می‌کنند روشن کنم که چگونه حضرت امام از طریق این جمله وعده‌ی حضور تفکر ملاصدرا را در آینده‌ی تاریخ می‌دهند و مقام معظم رهبری با هوش سرشار خود معتقدند فلسفه‌ی ملاصدرا جای خالی خویش را در اندیشه‌ی انسان این روزگار می‌جوید و سرانجام خواهد یافت.(436) ملاحظه کنید مقام معظم رهبری چه آینده‌ای را برای مکتب صدرایی پیش‌بینی می‌کنند. چون تمام مسئله‌ی تمدن آینده موضوعِ رجوع به «وجود» است به روش صدرایی آن، به همین جهت ملاصدرا بدون هرگونه غلوی آن نگاه را حکمت متعالیه می‌داند چون متعالی‌تر از «وجود» مطرح نیست و حکمتی که «وجود» مدّ نظرش باشد، حکمت متعالی است. روبه‌روی وجودِ تشکیکی، مفهوم است و فکر کانتی و دکارتی و اخباری‌گری امین استرآبادی. این‌جاست که ملاصدرا متوجه است باید خارج از درگیری‌های جزئی به تدوین مکتبی بپردازد که بتواند روح زمانه را تغذیه کند. همین‌طور که فقهای اصولی ما در مقابل اخباریون، فقه را تدوین کردند و جهت ادامه‌ی دینداری در اصول عملیه راه‌کار نشان دادند. ملاصدرا مکتبی را تدوین کرد که موضوعِ «وجود» در آن مدّ نظر قرار می‌گیرد. نظر به «وجود» از آن جهت که تشکیکی است و عین خارجیت است، عظیم‌ترین کاری است که در تاریخ تفکر صورت گرفته. تا معلوم شود در راستای رجوعِ به حق باید نظر به حقیقتِ «وجود» داشت.(437) اشخاصی مثل حضرت امام و حضرت علامه طباطبائی با تسلط بر این همه روایت باز معتقدند: ملاصدرا در تبیین موضوع توحید کمک زیادی کرده است. چون ملاصدرا با آن عقل و فهمِ فوق‌العاده‌اش اندیشهای را مبتنی بر روایات و آیاتِ توحیدی تدوین کرد که امروز اسلام بتواند در مقابل غربِ سوبژکتیویته حرف داشته باشد. از این جهت حکمت متعالیه زبان ارائه‌ی دین است در فضایی که سوبژکتیویته می‌خواهد هر حقیقتی را نفی کند وگرنه از نظر اعتقاد فردی بالأخره هرکس می‌تواند یک طوری دینداری کند.
وقتی متوجه شدیم نظر به «وجود» یک کار اساسی است تا از یک طرف «سیر الی الله» برای ما درست انجام گیرد و از طرف دیگر از روح سوبژکتیویته آزاد شویم، عرض می‌کنم مباحث معرفت نفس با توجه به این که نظر به جنبه‌ی «وجودی» نفس ناطقه دارد، این کار را ممکن می‌کند.