محمد بن زید کوچکترین فرزندان زید شهید است و او را در عراق اعقاب بسیار بوده، کنیتش ابوجعفر، فضلی بسیار و نبالتی به کمال داشت، و قصهای از فتوت و جوانمردی او معروف است که داعی کبیر آن را برای سادات و علویین نقل کرده که آن را سرمشق خود قرار داده و به آن طریق رفتار نمایند، و ما آن قصه را در ذکر اولاد حضرت امام حسن علیه السلام نگارش دادیم به آنجا رجوع شود.
و پسرش محمد بن محمد بن زید همان است که در ایام ابوالسّرایا یا در سنه صد و نود و نه بعد از وفات محمد بن ابراهیم طباطبا مردم با وی بیعت کردند و آخرالأمر او را گرفته به نزد مأمون در مرو فرستادند و در آن وقت بیست سال داشت، مأمون تعجب کرد از صغر سن او، با وی گفت: کَیْفَ رَاَیْتَ صُنْعَ اللَّهِ بِاْبِنِ عَمَّکَ؟
محمد گفت:
رَاَیْتُ اَمینَ اللَّهِ فِی الْعَفْوِ وَالْحِلْمِ - وَ کانَ یَسیراً عِنْدَهُ اَعْظَمُ الْجُرْمِ
گویند چهل روز در مرو بود آنگاه مأمون او را زهر خورانید و جگرش پاره پاره شده در طشت میریخت و او نظر میکرد به آنها و خلالی در دست داشت و آنها را میگردانید. و مادرش فاطمه دختر علی بن جعفر بن اسحاق بن علی بن عبداللَّه بن جعفر بن ابی طالب بوده است.
و پسر دیگری جعفر بن محمد بن زید مردی عالم و فقیه و ادیب و شاعر و آمر به معروف و ناهی از منکر بوده در کلاجر نیشابور به خاک رفته، کذا فی بعض المشجّرات، و ظاهراً او است پدر احمد سکّین که بیاید ذکرش بعد از این.
و بدان که از احفاد محمد بن زید است، سید اجل وحید عصره و فرید دهره صدرالدّین علی بن نظامالدّین احمد بن میر محمد معصوم مدنی مشهور به سید علیخان شیرازی جامع جمیع کمالات و علوم، صاحب مؤلفات نفیسه مانند شرح صمدیه و شرح صحیفه و سلافة و انوار الربیع و سلوة الغریب و غیر ذلک. وفاتش سنه هزار و صد و نوزده در شیراز واقع شده و قبرش در شاهچراغ نزدیک قبر سید اجل سید ماجد است، پدران سید علیخان همگی علما و فضلا و محدثین بودهاند، در کتاب سلافة العصر من محاسن أعیان العصر در ترجمه والدش نظامالدین احمد، فرمود:
اَمامُ ابْنُ اِمامٍ وَ هُمامُ ابْنُ هُمامُ هَلُمَّ جَرّاً اَلی اَنْ اُجاوِزَ الْمَجَرَّةَ مَجَرّاً لا اَقِفُ عَلی حَدٍّ حَتّی اِنْتهِیَ اِلی اَشْرَفِ جَدٍّ وَ کَفی شاهِداً عَلی هذا الْمَرامِ قَوْل اَحَدِ اَجْدادِهِ الْکِرامِ لَیْسَ فی نَسَبِنا اِلاّ ذُوفَضْلٍ وَ حِلْمٍ حَتّی نَقِفَ عَلی بابِ مَدینَةِ الْعِلْمِ.(162)
و از جمله پدران او است استاد البشر والعقل الحادی عشر غیاثالدّین منصور دشتکی که قاضی نوراللَّه در مجالس در ترجمه او فرموده: خاتم الحکماء و غوث العلماء الأمیر غیاثالدّین منصور شیرازی آنکه ارسطو و افلاطون بلکه حکمای دهر و قرون اگر در زمان آن قبله اهل ایمان بودندی مفاخرت و مباهات به انخراط در سلک مستفیدان و ملازمان مجلس عالیش نمودندی انتهی.(163)
گویند در بیست سالگی از ضبط علوم فارغ گردیده و در چهارده سالگی داعیه مناظره با علامه دوانی در خود دیده، در سنه نهصد و سی و شش که زمان سلطنت در کفّ با کفایت شاه طهماسب صفوی بود آن جناب به صدارت عظمی رسید ملقب به صدر صدور ممالک گردید، و در سنه نهصد و سی و هشت جناب خاتم المجتهدین محقق کرکی از عراق عرب به تبریز آمد و از جانب سلطان نهایت احترام میدید به امیر غیاثالّین مذکور در طریقه محبت مسلوک فرمود. گویند که این دو بزرگوار با هم قرار دادند که در یک هفته جناب محقق کتاب شرح تجرید را نزد میر بخواند و در هفته دیگر جناب میر کتاب قواعد را از جناب محقق استفاده نماید. مدتی بر این منوال گذشت تا آنکه مفسدین سخنی چینی کردند و مابین این دو بزگوار را به هم زدند، پس جناب میر، از منصب صدارت استعفا و عود به شیراز نمود و در سنه نهصد و چهل و هشت به رحمت ایزدی پیوست و در جوار مزار پدر بزرگوارش به خاک رفت، و آن جناب را منصنفات بسیار است که ذکرش در اینجا مهم نیست و والد ماجدش سید الحکماء و المدقّقین ابوالمعالی صدرالّین محمد بن ابراهیم است که معروف به صدرالدّین کبیر که قاضی نوراللَّه در ترجمه او فرموده: آباء و اجداد امجاد او تا حضرت ائمه معصومین علیهم السلام همگی حافظ احادیث و حامل علوم شرعیه بودهاند انتهی.(164) از مأثر او، مدرسه رفیعه منصوریه است در شیراز، در سنه نهصد و سه از دنیا رحلت بفرمود.
و از جمله اجداد ایشان است نصرالدّین ابوجعفر احمد سکّین که مقرب به خدمت حضرت امام رضا علیه السلام بوده و آن حضرت فقه الرضا را به خط مبارک خویش برای او نوشته و آن کتاب شریف در جمله کتب سید علیخان در بلاد مکه معظمه بوده چنانکه صاحب ریاض فرموده، و سید صدرالدّین محمّد مذکور فرموده:
ثُمَّ اِنَّ اَحْمَدَ السِّکین جَدّی صَحِبَ الاِمامَ الرِّضا علیه السلام مِنْ لَدُنْ کَانَ بِالْمَدینَةِ اِلی اَنْ اُشْخِصَ تَلْقاءَ خُراسانَ عَشْرَ سِنینَ فَاَخَذَ مِنْهُ الْعِلْمَ وَ اِجازَتُهُ عِنْدی فَاَحْمَدُ یَرْوی عَنِ الاِمامِ الرِّضا علیه السلام عَنْ آبائِهِ عَلَیْهِمُ السَّلامُ عَنْ رَسولِ اللَّهِ صلی اللَّه علیه و آله و سلم وَ هذَا الاَسْنادُ اَیْضَاً مِمّا اَتَفَرَّدُ بِهِ لایُشْرِکُنی فیهِ اَحَدٌ وَ قَدْ خَصَّنِیَ اللَّهُ تَعالیَ بِذلِکَ وَ الْحَمْدُللَّهِ.