در سال پنجاه و چهارم از مکه به مدینه مهاجرت فرمود. سید جعفر برزنجی در رساله مولودیه(282) خود سخنی آورده که خلاصهاش چنین است:
زمانی که در سال دهم بعثت، ابوطالب درگذشت، مرگ او مصیبت بزرگی را به دنبال داشت. سه روز پس از آن، حضرت خدیجه رضوان الله علیها درگذشت. بلا و مصیبت نسبت به مسلمانان شدت گرفت و قریش از هر گونه آزاری نسبت به حضرتش دریغ نکرد. پیامبر اکرم صلی الله علیه و آله به سوی طائف حرکت کرد تا قبیله ثقیف را به سوی حق هدایت کند اما پاسخ مثبتی به حضرتش ندادند و جاهلان و غلامان خود را تحریک کرده آن حضرت را دشنام دادند و به سویش سنگ پرتاب کردند؛ چندانکه پای و پایافزار به خون آغشته گردید. پس غمگین به مکه بازگشت. فرشته کوهها از آن حضرت خواست که مردم متعصب آنجا را هلاک نماید؛ حضرتش (نپذیرفت و) فرمود: امید دارم که خداوند در فرزندان آینده آنان دوستان خود را قرار دهد.
پیامبر خدا، خویش را به قبایلی که در ایام حج به مکه میآمدند معرفی مینمود. شش نفر از انصار- که خداوند رضایت خود را شامل حالشان کرده بود - به حضرتش ایمان آوردند. دوازده نفر همراه ایشان حج به جای آورده مخفیانه با آن حضرت بیعت نمودند و سپس بازگشتند. بدین ترتیب اسلام در مدینه آشکار و این شهر پناهگاه و قرارگاه حضرتش گردید.
در سال سوم، هفتاد (یا هفتاد و سه یا هفتاد و پنج) مرد و دو زن از قبائل اوس و خزرج از مدینه آمدند و با حضرتش بیعت کردند. دوازده تن را به نظارت بر آنان دعوت نمود که به حد اعلای درجه شرف و بزرگی نائل آمدند.
مسلمانان از مکه به سوی آنان مهاجرت کرده دیار خود را ترک نمودند تا در آنچه به مهاجران از کفر وعده داده شده سهیم گردند. قریش ترسید که پیامبر صلی الله علیه و آله فوراً به یاران خود ملحق شود. بنابراین درباره کشتن ایشان به مشورت پرداختند. خداوند پیامبرش را از کید آنان حفظ کرد و نجات داد و او را اجازه مهاجرت فرمود. مشرکان در کمین آن حضرت بودند تا به تصور خود او را نابود سازند. پیامبر صلی الله علیه و آله از میانشان خارج گردید و بر رویشان خاک پاشید. این خاک او را از دید آنان مصون داشت. سپس به سوی غار حرکت فرمود. سه روز در آنجا باقی ماند و سپس از آنجا خارج گشت. در راه مورد تعرض سراقه(283) قرار گرفت و از خداوند خواست که شر او را کم نماید. مرکب سراقه در آن زمین سخت و محکم فرو رفت و از حضرتش امان طلبید. پیامبر خدا صلی الله علیه و آله بدو امان داد.
پیامبر اکرم صلی الله علیه و آله در منزلگاه قدید بر ام معبد خزاعی عبور نمود. خواست تا مقداری گوشت یا شیر از او خریداری کند. چیزی در اختیار نداشت. چون نظر افکند، چشمان شریفش به گوسفندی در خانه افتاد که به علت ناتوانی با دیگر گوسفندان به چرا نرفته بود. از صاحب خانه اجازه خواست تا آن را بدوشد. صاحب خانه اجازه داد و گفت: اگر او را شیر بود، ما آن را دوشیده بودیم. حضرتش دستی به پستان گوسفند مالید و به درگاه خداوند دعا و نیایش کرد. پستان پر از شیر شد. آن را دوشید و از شیر آن به همه افراد داد. خود نیز ظرف خویش را پر از شیر کرد و از آنجا رفت در حالی که آیهای از معجزات خویش را در آن خانه گذاشته بود.
ابومعبد به خانه آمد و شیر را در ظرف دید. تعجب کرد. از همسرش پرسید: این شیر را از کجا آوردی؟! حیوان شیردهی در خانه نیست که قطرهای شیر داشته باشد! گفت: مرد نیکویی از اینجا گذر کرد که چنین و چنان بود - و مشخصات حضرت را بداد - شوهر گفت: این سرور قریش است و سوگند یاد کرد که اگر او را ببیند به او ایمان آرد و از وی پیروی کرده بدو نزدیک شود.
حضرت صلی الله علیه و آله روز دوشنبه دوازدهم ربیع الاول وارد مدینه شد. تمام شهر با نور او روشن گردید. مورد استقبال انصار قرار گرفت و در قبا(284) فرود آمد. آنگاه مسجد خویش را بر (پایههای) تقوی و پرهیزگاری بنا نهاد.